Dopo aver già affrontato questo argomento altri brani storici disegnano da prospettive diverse e complementari la vicenda di Padre Pio di fronte ai cambiamenti conciliari e della riforma liturgica. E' importante raccoglierli per dare una visione d'insieme alla vicenda e non giungere mai a facili conclusioni.
Padre Pio era un modello di rispetto e di sottomissione verso i suoi superiori religiosi ed ecclesiastici, specialmente quando era perseguitato. Malgrado ciò, non potè restare silenzioso davanti alle deviazioni che erano funeste alla Chiesa. Prima della fine del Concilio, nel febbraio 1965, qualcuno gli annunciò che presto si sarebbe celebrata la Messa secondo il nuovo rito, ad experimentum, in lingua volgare, rito che era stato composto da una commissione liturgica conciliare al fine di rispondere alle ispirazioni dell'uomo moderno. Padre Pio scrisse immediatamente a Paolo VI, prima ancora di avere visto il testo, per chiedergli di essere dispensato da questa esperienza liturgica e di potere continuare a celebrare la Messa di San Pio V.
Quando il Cardinale Bacci venne a visitarlo per portargli l'autorizzazione richiesta, Padre Pio si lasciò sfuggire un lamento in presenza del messaggero del papa: «Per pietà, mettete fine rapidamente al Concilio». Quello stesso anno, in mezzo all'euforia conciliare che prometteva una nuova primavera della Chiesa, egli confidò ad uno dei suoi figli spirituali: «In questo tempo di tenebre, preghiamo. Facciamo penitenza per gli eletti».
Altre scene della vita del Padre sono molto significative; ad esempio, la sua reazione all'aggiornamento degli ordini religiosi voluta dal Vaticano II. Le seguenti citazioni provengono da un libro che ha avuto l'imprimatur: «Nel 1966, il Padre Generale dei Francescani venne a Roma un po' prima del capitolo speciale che doveva trattare delle costituzioni, al fine di chiedere le sue preghiere e benedizioni a Padre Pio. Incontrò Padre Pio nel chiostro. "Padre, sono venuto per raccomandare alle vostre preghiere il capitolo speciale per le nuove costituzioni....". Aveva appena pronunciato le parole "capitolo speciale" e "nuovi costituzioni" che Padre Pio fece un gesto violento ed esclamò: "Tutto ciò è solamente un nonsenso distruttore". "Ma, Padre, dopo tutto, bisogna tenere conto delle giovani generazioni... i giovani si evolvono secondo le loro mode... ci sono dei bisogni, delle nuove richieste....". "La sola cosa che manca, disse il Padre, sono l'anima e il cuore, sono tutto, intelligenza e amore". E partì per la sua cella, si rigirò e disse, puntando il suo dito: "Non dobbiamo snaturarci, non dobbiamo snaturarci! Al giudizio del Signore, San Francesco non ci riceverà come suoi figli"! Un anno dopo, la stessa scena si ripetè all'epoca dell'aggiornamento dei cappuccini.
Un giorno, alcuni colleghi discutevano col definitore generale, il consigliere vicino al provinciale o al generale di un ordine religioso, i problemi dell'ordine, quando Padre Pio, assumendo un atteggiamento scandalizzato, esclamò, con un sguardo severo nei suoi occhi: «Che cosa volete a Roma? Che cosa intrallazzate? Volete cambiare anche la regola di San Francesco»? Il definitore replicò: «Padre, si vorrebbero proporre dei cambiamenti perché i giovani non vogliono più saperne della tonsura, dell'abito, dei piedi scalzi...». «Cacciateli! Cacciateli! Che cosa bisogna dire? Forse che fanno un favore a San Francesco prendendo l'abito e seguendo la sua regola di vita, o non è piuttosto San Francesco che offre loro questo grande dono?".
Fr. Jean, OFM Cap., Lettre aux Amis de Saint François del Monastero di Morgon, febbraio 1999, fasc. n. 17.