Pablo VI fue el Papa que más relación tuvo con las apariciones de Garabandal. Bajo su pontificado, que comenzó el 23 de junio de 1963, ocurrieron la segunda parte de los sucesos en Garabandal. Sus comentarios y bendiciones además de muy elogiosos, muestran que estaba bien informado de todo lo que ocurría en Garabandal. Entre otros datos se sabe que el 19 de Agosto de 1965 ya el Papa Pablo VI había leído el libro "La Estrella en la Montaña" sobre las apariciones de Garabandal y las circulares del Dr. Bonance y tambiénhabía leído el Diario de Conchita, una de las cuatro videntes de Garabandal.
Pablo VI también conoció personalmente a Conchita en enero de 1966, en una breve audiencia, inesperada y semi-privada, con su madre y el P. Luna. En la audiencia Conchita probablemente le transmitió la fecha que conocía del Milagro, como lo hizo con el cardenal Ottaviani en aquel viaje. Pablo VI le dijo: Conchita, Yo te bendigo y conmigo te bendice toda la Iglesia. De Pablo VI es también este comentario: Es la historia mas hermosa de la humanidad desde el Nacimiento de Cristo. Es como la segunda Vida de la Santísima Virgen en la tierra y no hay palabras para agradecerlo.
Por último, el Papa Pablo VI concedió la Bendición Apostólica a la Obra de difusión de los Mensajes de Garabandal el 12 de Junio de 1967. En una Audiencia dada al Padre Javier Escalada S.J, este comentaba al Papa que había mucha oposición a creer en las apariciones de Garabandal. Pablo VI le cortó y dijo: No importa, diga a esas gentes que es el Papa quién desea se hagan públicos esos Mensajes y a la mayor urgencia